Comme plusieurs sites dans le Golfe du Morbihan, les marais de Villeneuve ont été exploités pour la saliculture (culture du sel) jusque dans les années 1860-70, date à laquelle la concurrence industrielle a sonné le glas d’une activité artisanale. Les marais sont ensuite transformés pour l’affinage ostréicole puis abandonnés.
Le Département du Morbihan les rachète en 2002 au titre des Espaces Naturels sensibles. Les digues caractéristiques sont refaites en 2011.
Ce lieu façonné par la main de l’homme est d’abord un havre de paix pour la biodiversité. Ses eaux faiblement profondes, riches de plancton, en font un paradis pour de nombreuses espèces d’oiseaux. Pour ne pas déranger les oiseaux ni la flore, il est recommandé de rester sur le sentier, de faire le moins de bruit possible et de laisser pousser les fleurs.